فعاليت مجموعه‌ای که امروز به نام دانشکده علوم و فناوری زيستی شناخته می‌شود، درسال 1346 در قالب گروه زیست‌شناسی دانشکده علوم آغاز شده است. گروه زيست‌شناسی ظرف چند سال با سرعت قابل‌ توجهی توسعه یافت. در پایان دهه اول فعالیت یعنی سال 1355، فعالیت آموزشی و پژوهشی گروه توسط 19 نفر عضو هیات‌علمی و 9 کارشناس آزمایشگاه انجام می‌شد. در آن زمان گروه دارای دوره‌های کارشناسی (روزانه و شبانه) و کارشناسی‌ارشد در رشته‌های حشره‌شناسی، جلبک‌شناسی، میکروبیولوژی، ایمونولوژی و انگل شناسی بود.گروه زیست‌شناسی در تير ماه سال 1386 بواسطه تعدد رشته‌ها در مقاطع کارشناسی و کارشناسی­‌ارشد و دامنه وسيع زمينه­‌های پژوهشی با ارتقا در ساختار تشکيلاتی دانشگاه به دانشکده علوم‌‌ زیستی تبديل شد. در سال 1395 در پی تغییر ساختار دانشگاه شهید بهشتی، این دانشکده همراه با گروه مهندسی بیوتکنولوژی دانشکده مهندسی انرژی و فناوری های نوین در قالب دانشکده علوم و فناوری زیستی سازمان یافت.
دانشکده علوم و فناوری زیستی در چهار گروه علوم و زیست فناوری گیاهی، گروه زیست‌شناسی و زیست فناوری جانوری، دریا و آبزیان، گروه ميکروبيولوژی و زیست فناوری میکروبی، و گروه زیست‌شناسی سلولی و مولکولی فعال می‌باشد. همچنین از سال 1395 پذیرش دانشجو در گرایش زیست‌فناوری از رشته زیست‌شناسی در مقطع کارشناسی دایر شده است. در حال حاضر اين دانشكده با سابقه‌ نزديك به ۵۰ سال تجربه و در اختيار داشتن استادان مجرب و امكانات آموزشی و پژوهشی و تجهيزات آزمايشگاهی پيشرفته، يكی از قطب‌های مهم علوم و فناوری زیستی در كشور می‌باشد. در حال حاضر رياست دانشکده به‌عهده جناب آقای دکتر داریوش مینایی طهرانی می‌باشد.