براساس آموزه های قرآن، زمین مهد و گهواره انسان است و گهواره باید امن و آرام باشد تا انسان در آن رشد و تکامل یابد. زمین مظهر وجه مادی حیات و آسمان جلوه گاه جنبه معنوی آن است و برخورداری از زندگی سالم و درست مستلزم برقراری نسبت سازنده با این دو مظهر است، بنابراین حفاظت از محیط زیست پايه و اساس حيات زمين را تشکيل می‌دهد.
حفاظت از محیط زيست زمانی تحقق خواهد یافت که گستره آن همه ابعاد جامعه را در برگیرد و به عنوان عنصری فرهنگی به آن نگریسته شود. حفاظت از این منابع ارزشمند در صورت وجود اطلاعات و دانش از فرايندهای زيست بوم‌ها، گونه ها و جمعيت آن ها، ذخاير ژنتيکی زيستگاه ها و همچنين عوامل تهديدکننده تنوع زيستي امکان‌پذير خواهد بود.
پژوهشكده علوم محيطی در سال 1379، به منظور توسعه نگرش‌های عميق نسبت به اثرات متقابل انسان و محيط زيست، بازشناسی چالش‌های محيطی كنونی و ارائه راه‌حل‌های واقع‌گرايانه برای رسيدگی به مسائل و مصائب زيست‌محيطی، فعاليت خود را در زمينه محيط زيست انسانی و طبيعی آغاز کرد.
فهرست فعلی گروه ها و خلاصه اهداف پژوهشی آن ها به شرح زیر است:
1- تنوع زيستی و مديريت اكوسيستم‌ها: حمايت از توسعه پايدار از طريق حراست و استفاده از منابع بيولوژيكی، به منظور حفاظت از تنوع ژن‌ها و گونه‌های موجود و زيستگاه‌های مهم
2- برنامه‌ريزی و طراحی محيط: توسعه عمومی محيط پايدار با استناد به شناسايی سازوکار‌های مؤثر در بهبود سيستم مديريت محيط، با اتخاذ سه راهبرد عمده نگهداری، بازيابی و طراحی محيط
3- حقوق محيط زيست: ترويج و گسترش اين رشته از حقوق و آشنايی با ضوابط و مقررات زيست‌محيطی و كمك به پيشرفت پژوهش‌ها در زمينه محيط زيست از ديدگاه حقوقی
4- اقتصاد و منابع محيط زيست: استفاده از نظريه‌ها، روش‌ها و تجربه‌های اقتصادی برای بهينه‌سازی الگوی بهره‌برداری از منابع محيط زيست و توسعه اقتصادی سازگار با محيط زيست
5- كشاورزی اكولوژيك: معرفی مفاهيم و روش‌های توليد محصولات كشاورزی با اتكا بر مباني اكولوژيك در قالب توسعه پايدار و طراحی بوم نظام‌های كشاورزی بر اساس توليد بهينه
6- آلاينده‌های محيط زيست: شناسايی انواع آلاينده‌های محيط زيست به منظور مهار آلاينده‌ها و كاهش اثرات مخرب آن ها بر محيط زيست.
گروه های پژوهشی این پژوهشکده در انجام طرح های پژوهشی درون سازمانی و برون سازمانی، برگزاری دوره ها و کارگاه ها، انتشار مقاله و انجام سخنرانی در همايش ها، تأليف و ترجمه کتاب و تدريس در گروه های آموزشی شركت دارند.
در زمينه آموزشی، رشته حقوق محيط زيست در دوره كارشناسي ارشد در سال 1382 و رشته کشاورزی اکولوژیک (اگرواکولوژی) در سال 1385راه اندازی شد و هم اکنون با موفقيت در پرورش نيروهای محقق در اين رشته ها، که در سطح کشور برای اولین بار ایجاد شده، فعالیت دارند.
از دیگر اقدامات مفيد پژوهشکده برای تقويت همكاری‌های علمی بين‌المللي، همکاری و فراهم کردن مقدمات امضاي تفاهم نامه با دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی مشابه در دنیا و از آن جمله کشور آلمان است.
انتشار فصلنامه علوم محيطی در سال 1382، از ديگر فعاليت‌های اين پژوهشكده است که با همياری جمعی از اعضای هيأت علمي دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی در خارج و داخل کشور، به منظور در اختيار نهادن يافته‌های پژوهشگران است. همكاران اين مجموعه در تلاش هستند كه با انتشار دستاوردهای دانش‌پژوهان داخل و خارج از كشور، به زبان فارسی و انگليسی، سهم خود را در توسعه و نشر دانش تخصصی در زمينه علوم محيطی ادا كنند.
اين پژوهشکده علاوه بر پژوهشگران، صاحبنظران و متخصصان دانشگاه شهيد بهشتی در زمينه علوم محيطی، از حضور استادان ديگر دانشگاه ها، مراکز و سازمان های تحقیقاتی و همچنين متخصصان و مسئولان اجرايی کشور بهره مند است. شاید بتوان گفت، تأسيس اين پژوهشکده بعد جديدی از پژوهش های علمی (اعم از کاربردی، توسعه ای و بنيادی) را در دانشگاه ايجاد کرده و فعاليت های علمی را در گروه های پژوهشی بين رشته ای، هماهنگ با پيشرفت علم و فناوری های جديد در تمامی سطوح علمی، فنی، کشاورزی، پزشکی و غيره در راستای بهبود محيط زيست انسانی و طبيعی سامان می بخشد.
مشاركت در برپايی"همايش‌های تخصصی محيط زيست"، از ديگر اقداماتی است كه به همراه ساير فعاليت‌های ذكر شده به منظور توليد اطلاعات جديد، پيشبرد آزمايش‌های علمی و ارتقای سطح آگاهی در ارتباط با نيازهای محيطی كشور انجام گرفته‌ است.
اميد داريم كه اين پژوهشکده با حمايت و راهنمايی‌های ارزنده مسئولان دانشگاه و همت اعضای پژوهشكده و همياری استادان و صاحبنظران داخلی و خارجی، در رشد آگاهی، توسعه علمی و ترويج دانش تخصصی كشور در زمينه علوم محيطی مفيد واقع شود.
از پيشنهادهای سازنده و نقّادانه همه صاحب نظران، استادان و همکاران گرامی برای پیشبرد و دسترسی به اهداف عالی و سامان بخشی به امر پژوهش در سال «نوآوری و شکوفائی» استقبال می کنیم.